A principal indicação para a psicocirurgia é a presença de um transtorno psiquiátrico crônico e debilitante que não respondeu a qualquer outro tratamento. Uma orientação razoável é que o transtorno deve ter estado presente por 5 anos, sendo que neste período foi tentada uma série de alternativas terapêuticas. Os dois transtornos que melhor respondem a psicocirurgia são: