é bastante susceptível à contaminação no laboratório devido a sua alta sensibilidade;

requer digestão do DNA em teste por enzimas de restrição, eletroforese em gel dos fragmentos obtidos, transferência do DNA para uma membrana sólida e hibridização com sonda radioativa;

dispensa o conhecimento prévio de sequências de DNA adjacentes ao DNA interesse;

consiste em três etapas: desnaturação do DNA sob baixa temperatura, hibridização do primer em alta temperatura e alargamento do primer a uma temperatura média;