Serão feitas por intermédio do Ministério do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior e Casa Civil da Presidência da República, bem como por instituição financeira controlada pela União, que poderá atuar como mandatária desta para execução e fiscalização, por definição do Decreto nº 6.428/2008.

Os pagamentos à conta de recursos recebidos da União estão sujeitos à identificação do beneficiário final e à obrigatoriedade de depósito em sua conta bancária.

Excepcionalmente, mediante mecanismo que permita a identificação, pelo banco, do beneficiário do pagamento, poderão ser realizados pagamentos a beneficiários finais pessoas físicas que não possuam conta bancária, observados os limites fixados na lei.

Toda movimentação de recursos de que trata a legislação pertinente, por parte dos convenentes, executores e instituições financeiras autorizadas, será realizada observando-se os seguintes preceitos: movimentação mediante conta bancária específica para cada instrumento de transferência; pagamentos realizados mediante crédito na conta bancária de titularidade dos fornecedores e prestadores de serviços, facultada a dispensa deste procedimento, por ato da autoridade máxima do concedente ou contratante; e transferência das informações mencionadas na legislação ao SIAFI e ao Portal de Convênios, em meio magnético, conforme determinação legal.