A pesquisa estatística é dividida em duas etapas: a primeira coleta informações sobre os estabelecimentos de ensino, gestores, turmas, alunos e profissionais escolares em sala de aula, enquanto a segunda, coleta informações sobre o movimento e o rendimento escolar dos alunos ao final de todo ano letivo.

O Censo Escolar é conduzido apenas pelas secretarias estaduais e municipais de educação, sem a participação do Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep).

O Censo Escolar é uma pesquisa com caráter declaratório e regulamentado por instrumentos normativos que definem sua obrigatoriedade; os prazos; os responsáveis e suas responsabilidades e, ainda, todos os procedimentos para a realização de coleta de dados.

O Censo Escolar é realizado todo ano e sua declaração é obrigatória para todas as instituições de ensino (públicas e privadas) do país.

O Censo Escolar deve ser aplicado tanto nas secretarias municipais, estaduais, quanto na iniciativa privada.