A auditoria interna difere da auditoria independente no nível da relação existente entre as partes. A auditoria interna é realizada por profissionais diretamente ligados à empresa.

É aquela realizada pela própria empresa, em caráter permanente.

Apesar de seu vínculo à empresa, o auditor interno deve exercer sua função com absoluta independência funcional.

Cabe a auditoria interna verificar se o sistema contábil e de controles internos, estabelecidos pela administração está funcionando conforme o previsto.

É aquela à qual a empresa de auditoria não possui qualquer relação empregatícia com a entidade auditada. Os auditores independentes geralmente atuam por conta própria ou através de uma empresa de auditoria.