Um protocolo bem estruturado – com carimbos, assinaturas e registros válidos legalmente – pode servir como prova jurídica quando necessário, e é um procedimento fundamental para uma organização, pois estabelece um padrão para catalogar, arquivar e encaminhar todos os arquivos sob responsabilidade da empresa.

Após o registro, os documentos são numerados (autuados) conforme sua ordem de chegada ao arquivo. A palavra autuação também significa a criação de processo.

Ao receber os documentos enviados para uma determinada instituição, o Protocolo deve verificar se eles são particulares (conteúdo de interesse pessoal) ou oficiais (matéria de interesse institucional). As correspondências oficiais serão separadas em ostensivas e sigilosas.

A movimentação consiste na entrega dos documentos aos seus respectivos destinatários e pode ocorrer por distribuição ou por expedição. A expedição é a primeira remessa do documento, recebido nos setores de trabalho (destinatário), portanto, é uma movimentação interna. A distribuição consiste na entrega de documentos aos destinatários externos (outras instituições).

Os documentos recebidos pelo protocolo são registrados em formulários ou em sistemas eletrônicos, nos quais serão descritos os dados referentes ao seu número, nome do remetente, data e assunto, espécie, entre outros elementos. Os elementos utilizados para o registro de documentos, nos serviços de protocolo, são metadados desses documentos.