Nas regiões rurais, a contaminação das águas subterrâneas também se realiza por meio da infiltração de pesticidas e nitratos extensivamente utilizados na agricultura.

Significativa redução nas concentrações de nitratos em águas subterrâneas tem sido verificada principalmente em solos arenosos submetidos à irrigação.

Os fatores mais comumente associados à presença de pesticidas em águas subterrâneas relacionam-se às áreas de uso mais intensivo e à magnitude da recarga no aquífero – por precipitação ou irrigação.

A irrigação realizada em larga escala em regiões áridas ou semiáridas pode concorrer com o progressivo aumento da salinidade do solo e, por consequência, das águas subterrâneas.