Em 2003, foi criada a Secretaria de Vigilância em Saúde para fortalecer e ampliar as ações de vigilância epidemiológica. No entanto, os programas nacionais de combate à dengue, à malária e a outras doenças transmitidas por vetores, o Programa Nacional de Imunização, a prevenção e controle de doenças imunopreveníveis, a vigilância das doenças de veiculação hídrica e alimentar, o controle de zoonoses e a vigilância de doenças emergentes ainda são desempenhados pela FUNASA.