O Reino Monera é classificado, atualmente, baseando-se na sequência de nucleotídeos do RNA ribossômico, material constituinte dos ribossomos, organelas responsáveis pela síntese de proteínas. O estudo da sequência de nucleotídeos do RNA ribossômico permitiu distribuir os procariontes em dois grandes grupos: arqueas e Eubactérias. As arqueas se caracterizam por: