Alteração do sítio da PLP ou hidrólise por β-lactamases são mecanismos comuns de resistência aos β-lactâmicos (amoxicilina) e macrolídeos (azitromicina).

As β-lactamases de espectro estendido (ESBL) são problemáticas porque são capazes de hidrolisar penicilinas e cefalosporinas. Além disso, são codificadas em plasmídeos que podem ser transferidos entre organismos, facilitando sua disseminação.

A resistência aos aminoglicosídeos (amicacina, gentamicina) geralmente ocorre pelo aumento do efluxo ou alteração da subunidade ribossomal 60S.

Cepas de Mycoplasma e Ureaplasma apresentam resistência intrínseca a penicilinas e cefalosporinas, mas sensibilidade a vancomicina, sendo necessário incluir este último no teste de antibiograma.

As carbapenemases são usualmente capazes de hidrolisar não só os carbapenêmicos, mas também os demais β-lactâmicos, como linezolida, penicilinas e até monobactâmicos. Quando o teste de triagem for positivo para essa enzima, pode ser realizado o Teste de Hodge Modificado como teste confirmatório.