No solo ocorrem inúmeras reações metabólicas complexas, sendo que os microrganismos são os principais desencadeadores destes fenômenos. Neste caso, o conceito básico de organismos heterotróficos e autotróficos é simplificado demais, quando se trata de microrganismos com toda sua grande plasticidade metabólica.

Assim, os microrganismos podem ser classificados de acordo com sua fonte