As bactérias nitrificantes transformam o nitrogênio do ar em amônia e posteriormente em nitrato.

O papel das bactérias desnitrificantes é vital, já que, ao contrário das fixadoras de N₂, elas partem de compostos nitrogenados, como amônia, nitratos e nitritos, além de matéria orgânica nitrogenada, extraindo deles o N₂, que é devolvido a atmosfera.

As bactérias desnitrificantes, para produzir matéria orgânica, usam a energia liberada na oxidação da amônia ou do nitrito.

As bactérias fixadoras são capazes de transformar o nitrogênio atmosférico em nitrato, que é utilizado pelas plantas para fabricar aminoácidos.