Alguns agentes farmacológicos estão envolvidos com a patogênese da EN, podendo-se citar, entre outros: indometacina, vitamina E, cocaína e amicacina.

Os recém-nascidos prematuros desenvolvem a EN precocemente, enquanto os recém-nascidos a termo desenvolverão a EN mais tardiamente.

Geralmente, a enterocolite necrosante (EN) ocorre nos dez primeiros dias de vida, podendo variar desde o primeiro dia até semanas ou meses após o nascimento.

A diminuição do afluxo sanguíneo da mucosa intestinal, resultando em injúria celular, é fator importante, mas secundário na patogênese da EN.

A EN acomete principalmente o cólon, seguido do íleo distal.