As barragens impedem migrações reprodutivas dos peixes para montante, como também as migrações para jusante em busca de áreas de alimentação.

As barragens funcionam como um sumidouro de nutrientes dissolvidos na água, o que coloca em risco muitas espécies à montante da barragem.

Nas zonas mais profundas dos reservatórios o ambiente é anóxico (sem oxigênio), o que pode eliminar a maioria das espécies de peixes.

A transformação do ambiente lótico (rio) em lêntico (reservatório) permite o estabelecimento de grandes populações de fitoplancton e zooplancton com consequências negativas para a maioria das espécies de peixes.

A flutuação do nível dos reservatórios provoca a formação, nas margens, de uma zona sem vegetação, causando a eliminação da maioria das espécies de peixes.