É a ciência que apresenta uma série de princípios e metodologias para estudar, analisar, dirigir, desenhar e avaliar sistemas de produção de base ecológica (agroecossistemas), mas não é uma prática agrícola ou um sistema de produção.

É uma nova abordagem que integra os conhecimentos científicos (agronômicos, veterinários, zootécnicos, ecológicos, sociais, econômicos e antropológicos) aos conhecimentos populares para a compreensão, avaliação e implementação de sistemas agrícolas com vistas à sustentabilidade.

Em termos simples, a Agroecologia pode ser considerada como a ciência que norteia os sistemas orgânicos de produção, enquanto a agricultura orgânica é a aplicação prática dos conhecimentos gerados pela Agroecologia e abrange todas as linhas de base ecológica, como biodinâmica, natural, conservacionistas.

A valorização da biodiversidade, o estímulo à produção diversificada, práticas ecologicamente adequadas e questões como gênero e cultura mostram o caráter holístico da Agroecologia que o considera, na estruturação de um sistema produtivo, desde a caracterização do bioma até a finalidade produtiva e o perfil humano envolvido.

A Agroecologia permite um melhor controle dos fatores envolvidos nos processos de culturas agrícolas e pecuária. Utiliza-se de novas tecnologias adotadas para o desenvolvimento das culturas que trazem uma série de elementos, entre os quais podemos citar: a variedade de sementes de alto rendimento, práticas adequadas de irrigação, fertilizantes, agrotóxicos e plantio de vários tipos de culturas.