A ocorrência de hipo ou atrofia da mucosa pode comprometer a qualidade do material citológico, podendo ocorrer sangramentos por traumatismos e processo inflamatório que são comuns nesta fase.

O pH vaginal também sofre alterações, com tendência à alcalinização e mudança da flora, predispondo muitas vezes ao crescimento bacteriano com ocorrência de vaginite ou vaginose.

A coleta do material para citopatologia deve abranger a ectocérvice e endocérvice, e nas mulheres histerectomizadas, o fundo-de-saco vaginal.

A presença de atrofia que comprometa a qualidade do exame ou traga desconforto importante à mulher, indica a utilização prévia de estrogênio vaginal. Preferencialmente utiliza-se estriol ou promestriene, aplicando-se 3 cc do creme durante 2 dias e aguardando de dois a quatro dias (ideal) para a coleta.