Os estudos tradicionais de Microbiologia Ambiental baseiam-se principalmente em técnicas de isolamento seletivo e cultivo. No entanto, muitos dos micro-organismos encontrados em ambientes naturais não são cultiváveis em laboratório, havendo uma disparidade entre o que está presente no ambiente e o que pode ser recuperado por meio de técnicas baseadas em cultivo. Estudos realizados por vários autores concluíram que as bactérias cultivadas representam apenas 0,1 a 10% da comunidade bacteriana total do ambiente.

CRESPIM, Elaine. Detecção e quantificação de bactérias degradadoras de hidrocarbonetos em amostras de petróleo utilizando primers grupo-específico. Dissertação de Mestrado, Unicamp, 2008. Adaptado.

A identificação de bactérias sem a necessidade de cultivo pode ser feita através da metodologia denominada