Apesar de seus efeitos profundos, o bandeirantismo de grande escala durou relativamente pouco tempo, enfrentando dificuldades já na década de 1630. Os excessos cometidos contra as missões jesuíticas tiveram largas repercussões políticas e morais, incitando até o Papa a condenar os paulistas. [...] A queda desse tipo de bandeirantismo abriu uma nova fase na história local, que girava em torno do problema da escassez de mão de obra indígena.

(John Manuel Monteiro, Vida e morte do índio: São Paulo colonial. Em: Amanda Cristina Danaga e Edmundo Antônio Peggion (orgs.), Povos indígenas em São Paulo: novos olhares)

Dentre os fatores que contribuíram para a “queda desse tipo de bandeirantismo”, o historiador John Monteiro aponta a seguinte ocorrência, de 1641: