Em relação ao ecocardiograma transesofágico (ETE), o diagnóstico diferencial de vegetações provenientes da endocardite infecciosa (EI) ocorre em estruturas naturais, como o espessamento, a degeneração e a cordoalha valvar, e em estruturas nodulares, encontradas sobretudo em valva aórtica nativa, como as excrescências de Lambl e os nódulos de Arantius. Dificuldade maior encontra-se na diferenciação morfológica de pequenas vegetações e de fios de sutura cirúrgica ou de estruturas denominadas filamentos de fibrina.