O Código de Processo Penal Militar adotou o sistema da livre convicção ou íntima convicção, no qual o juiz possui ampla liberdade para avaliar a prova.

O Código de Processo Penal Militar adotou o sistema de prova legal, também denominado sistema de prova tarifada. Nele, determinadas provas, como a confissão, destacam-se como hierarquicamente superiores a outras, como por exemplo o depoimento de única testemunha.

O Código de Processo Penal Militar adotou o sistema misto, de livre convicção e de convicção racional, conforme seja a natureza da prova analisada pelo juiz: pericial técnica, testemunhal, documental ou circunstancial.

O Código de Processo Penal Militar, a exemplo do Código de Processo Penal brasileiro, adotou o sistema de valoração da prova denominado pelos doutrinadores de sistema do convencimento motivado ou da persuasão racional.