Protozoários ruminais não conseguem sintetizar peptídeos e proteínas a partir de amônia.

A bactéria é o principal microorganismo envolvido na degradação proteica, sendo também o mais abundante. Um percentual de 80% das espécies de bactéria possui atividade proteolítica.

Os alimentos contêm uma grande quantidade de compostos não proteicos de alto peso molecular. Esses compostos incluem peptídeos, aminoácidos livres, ácidos nucleicos e amônia.

O potencial de fermentação do pool de proteínas inclui a proteína do alimento, a soma da proteína endógena da saliva e a descamação epitelial e da lise de microorganismos ruminais.