As alterações neuropsiquiátricas são as manifestações mais frequentes da LES, podendo causar convulsões, alterações de humor ou comportamento.

A nefrite ocorre em cerca de 50% das pessoas com LES. Nas formas mais graves surge pressão alta, edema de membros inferiores e urina espumosa, podendo haver diminuição da quantidade de urina.

As alterações sanguíneas ocorrem devido à ação dos antígenos. Entretanto, a destruição dos glóbulos vermelhos é assintomática, enquanto que a dos glóbulos brancos apresenta sempre sintomas específicos como falta de ar.

A dor com ou sem inchaço nas juntas raramente ocorre nas pessoas com LES e envolve principalmente nas juntas das mãos, punhos, joelhos e pés, tendem a ser dolorosas e ocorrem de forma intermitente, com períodos de melhora e piora.

As lesões de pele são os sintomas mais raros, atingindo 20% dos casos ao longo da evolução da doença. As lesões mais características são manchas avermelhadas nas maçãs do rosto e dorso do nariz, denominadas lesões em asa de borboleta.