O Índice de Qualidade da Água (IQA) foi desenvolvido para avaliar a contaminação de esgoto nos corpos hídricos.

O Índice de Qualidade de Águas Brutas para Fins de Abastecimento Público (IAP) é o produto da ponderação dos resultados atuais do IQA e do Índice de Substâncias Tóxicas (IT).

O Índice do Estado Trófico (IET) visa a classificar os corpos d’água em diferentes níveis de trofia, avaliando a água em função do enriquecimento por nutrientes e seu efeito quanto ao crescimento das algas. São utilizadas três variáveis: clorofila a, nitrogênio total e fósforo total.

O Índice de Balneabilidade (IB) visa a avaliar a qualidade da água para fins de recreação de contato primário, sendo aplicado em águas costureiras e águas interiores. Os corpos d`água são classificados como próprios e impróprios.

Os índices IQA, IAP, IET e IB são classificados em 5 categorias: Ótimo ou Excelente; Bom; Médio ou Regular; Ruim; Muito Ruim ou Péssimo.