Na etapa A, a endonuclease de restrição (enzima 2) se liga à sequência de reconhecimento (I), pois não existiu ação da metilase (enzima 1).

NA etapa B, ocorre a ligação da DNA polimerase (enzima 2) aos grupos CH3 da sequência de reconhecimento fosforilada (II).

Na etapa C, a metilase (enzima 2) corta cada filamento de DNA entre duas bases pirimídicas da sequência de reconhecimento (I).

O resultado 1 apresenta a ação protetiva da metilação sobre a DNA ligase (enzima 2) que não consegue realizar a última ligação fosfodiéster da sequência de reconhecimento desaminada (II).

O resultado 2 apresenta a clivagem de ambas as fitas de DNA pela ação da Topoisomerase (enzima 1), visto que a sequência de reconhecimento (I) não está protegida pelos grupamentos amino terminais.