O processo de tratamento de esgoto sanitário por sistema de fossa séptica e filtro anaeróbio é considerado pouco eficiente. Mesmo assim, no município de Joinville, sua implantação é obrigatória em unidades residenciais que estejam sendo construídas em áreas onde não são atendidas pela rede de coleta pública. Os sistemas a serem implantados devem seguir normas construtivas, quais sejam: