O diagnóstico de ITU é confirmado pela presença, na urinocultura, de um número maior ou igual a 100.000 UFC/ml (unidades formadoras de colônias por mililitro de urina), de uma única bactéria.

A bacteriúria assintomática – encontro de mais de 100.000 UFC/ml em crianças sem qualquer sintomatologia – é mais frequente no recém-nascido a termo, no pretermo e nas meninas em idade escolar e pré-adolescentes. Deve ser tratada, pois o agente etiológico responsável é incapaz de produzir reação inflamatória, responsável pela sintomatologia, mas está presente nas vias urinárias.

O encontro de bastonetes gram-negativos na bacterioscopia realizada em gota de urina fresca não centrifugada, por coloração ao Gram, apresenta uma correlação de, aproximadamente, 94% com a cultura quantitativamente significativa. Piúria, cilindros leucocitários e reação de nitrito positiva sugerem e reforçam o diagnóstico de ITU.

A investigação do trato urinário por imagens está indicada após o primeiro episódio bem documentado de infecção urinária em qualquer idade e para ambos os gêneros