Certas bactérias apresentam uma cobertura externamente à parede celular, formada por polissacarídeos e proteínas, conhecida por cápsula bacteriana. Algumas espécies de linhagem capsuladas como, por exemplo, as bactérias Streptococcus pneumoniae causam pneumonia, enquanto outras bactérias, que são de linhagem não capsuladas, são incapazes de causar a doença. Isso se deve porque a cápsula permite que o micro-organismo: