A fragmentação dos peptídeos na célula de colisão ocorre de maneira imprevisível e aleatória, gerando em geral fragmentos de aminoácidos que não são utilizados para a identificação das proteínas.

No analisador, os peptídeos são separados em função da razão massa/carga (m/z).

Diferentes componentes do espectrômetro são mantidos a vácuo para evitar o movimento indesejado de íons.

Um espectrômetro de massa contém três unidades básicas, uma fonte de ionização, um analisador e um detector.

Na célula de colisão, os íons colidem com um gás (em geral He, Ar ou Ne), resultando na fragmentação do íon.