A E. coli é a mais comum e mais bem estudada eubactéria.

As eubactérias e arqueobactérias habitam o solo, a superfície das águas e os tecidos de outros organismos vivos ou em decomposição.

As eubactérias foram mais recentemente descobertas e menos caracterizadas bioquimicamente. A maioria habita os ambientes mais extremos – águas salgadas, águas quentes, pântanos e regiões profundas dos oceanos.

Evidências disponíveis sugerem que a arqueobacteria e a eubactéria convergiram precocemente na evolução e, por isso, constituem um único domínio denominado arqueo.