Vários processos relacionados à decomposição da matéria orgânica ocorrem na interface água-sedimento em ambientes aquáticos. Dependendo da quantidade de matéria orgânica e taxa de acumulação dos sedimentos, esses processos são separados verticalmente, levando a uma estratificação vertical, com a formação de zonas diagenéticas. A figura abaixo mostra perfis verticais de compostos na água intersticial do sedimento, e a variação das concentrações permitem identificar as seguintes zonas diagenéticas (da superfície para o fundo):