As bactérias são consideradas os organismos mais antigos no nosso planeta e são classificadas utilizando-se alguns critérios. Com relação às características nutricionais, elas são classificadas como autotróficas ou heterotróficas, dependendo da origem do átomo de carbono. Com relação à fonte de energia, as bactérias são classificadas como fototróficas ou quimiotróficas.

Considerando esses critérios, as cianobactérias devem ser classificadas como