A profundidade do disco de Secchi, utilizada para a análise da transparência da água, apresenta correlação com a concentração de organismos patogênicos na água.

O tempo máximo entre a coleta e a análise de amostras de água é de 30 dias, para qualquer parâmetro a ser analisado, desde que sejam adotados procedimentos para conservação das amostras.

Nos programas de monitoramento de qualidade das águas, independente dos seus objetivos, há indicação para que sejam avaliados os seguintes parâmetros: Demanda Bioquímica de Oxigênio (DBO), Oxigênio Dissolvido (OD) e metais pesados.