Fornecer orientação técnica permanente para os profissionais de saúde que têm a responsabilidade de decidir sobre a execução de ações de controle de doenças e agravos.

Fornecer informações atualizadas sobre a ocorrência dessas doenças e agravos, bem como dos fatores que a condicionam, numa área geográfica ou população definida.

Subsidiariamente, a vigilância epidemiológica constitui-se em importante instrumento para o planejamento, a organização e a operacionalização dos serviços de saúde, como também para a normatização de atividades técnicas correlatas.

Hoje se responsabiliza ativamente pela fiscalização das áreas de manipulação de alimentos, assim como é considerada autoridade sanitária perante as ações de fiscalização de farmácias e clínicas privadas.

Dentre suas ações prioritárias estão a coleta de dados e o estudo aprofundado dos agravos como as Doenças Transmissíveis e as Doenças Crônicas Não Transmissíveis.