a aquisição centralizada de vacinas através do PNI é uma medida que possibilita que os municípios mais pobres do País cumpram exatamente o mesmo calendário vacinal que os municípios mais ricos.

a política de utilização das vantagens econômicas decorrentes do mecanismo de compra centralizada é um empecilho para a incorporação de novas vacinas ao calendário vacinal nacional.

nas campanhas contra a influenza sazonal, as coberturas alcançadas pelo Brasil ficam muito aquém das metas, comparativamente às de outros países. Em 2011, a cobertura dessa vacina atingiu 16% da população-alvo.

o Programa evita a realização de estudos avaliativos do impacto das vacinas na morbimortalidade uma vez que não há garantias da qualidade dos imunobiológicos utilizados.

por ser público, o PNI é carente de modernização, tanto para ofertar novos imunobiológicos custoefetivos como para implementar e fortalecer novos mecanismos e estratégias de acesso dos grupos mais vulneráveis.