As prescrições de substâncias sujeitas a controle especial em hospitais e clínicas podem ser feitas com receituário privativo do estabelecimento para pacientes internados.

Farmácias de unidades hospitalares devem fazer a escrituração dos medicamentos controlados através dos Livros de Registro Específicos autorizados pela Vigilância Sanitária local.

Profissionais pertencentes a uma instituição hospitalar são isentos de identificar a receita com sua assinatura.

Farmácias hospitalares também devem entregar os Balanços de Substâncias Psicoativas e Outras Sujeitas a Controle Especial (BSPO) com a movimentação de substâncias das listas A, B, C e D1.