A execução das penas acessórias prescreve em quatro anos, contados da data do fato.

A prescrição do crime de insubmissão começa a correr do dia em que o insubmisso atinge a idade de quarenta e cinco anos.

Ao militar que deserta e permanece nesta condição sem ser reintegrado aplica-se a regra de que, embora decorrido o prazo da prescrição, a extinção da punibilidade somente poderá ocorrer quando o desertor atingir a idade de quarenta e cinco anos, e, se oficial, a de sessenta.

A prescrição não pode ser decretada de ofício pelo juiz.

Da mesma forma que no CP, o CPM estabelece que serão reduzidos de metade os prazos de prescrição dos crimes militares se o criminoso tiver, ao tempo do crime, menos de vinte e um anos de idade, ou, na data da sentença, mais de setenta anos de idade.