A qualificação como agência executiva é atribuída por lei complementar e, havendo descumprimento do plano estratégico de reestruturação e desenvolvimento institucional, a entidade pode perder tal qualificação.

As agências reguladoras têm natureza autárquica e personalidade de direito privado, tendo cada ente federativo competência própria para a sua instituição e regulamentação.

A qualificação como agência executiva é conferida à autarquia ou fundação que celebre contrato de parceria com o órgão da administração direta a que esteja vinculada, para a melhoria da eficiência e para redução de custos dos serviços a serem prestados.

As agências reguladoras são entidades da administração indireta e estão sujeitas ao princípio da especialidade, segundo o qual cada uma delas atua e é especializada na matéria que lhe foi atribuída por lei.

As agências reguladoras, tais quais outros órgãos administrativos, podem dirimir conflitos em última instância administrativa, o que impede o controle de suas decisões pelo Poder Judiciário.