Permite a separação cromatográfica eficiente e a confirmação molecular dos compostos analisados.

A limitação na seletividade não permite a detecção de múltiplos compostos em uma única análise na combinação da LC com MS.

Não é possível identificar compostos não voláteis, porque os analitos devem estar na fase gasosa antes da detecção.

Devido à fragmentação dos compostos durante a análise, a obtenção de informações para identificação é prejudicada.

O detector de massas separa os compostos com base tão somente na polaridade.