O controle interno no Governo Federal, consoante o art. 71 da Carta Magna, é exercido pelo Congresso Nacional com o auxílio do Tribunal de Contas da União (TCU).

O controle interno da Administração se dá pela autotutela. A Administração pode de ofício ou mediante provocação, por petição do administrado, desfazer um ato, seja anulando ou mesmo revogando o ato.

O controle interno é efetivado pelos outros poderes, quais sejam: o Legislativo, que tem a atribuição típica de fiscalizar o Executivo nos casos e limites permitidos pelas normas constitucionais, ou o Judiciário, que não pode se furtar de julgar casos de violação ou ameaça de lesão a direitos que lhe são submetidos.

O controle interno compreende, entre outras atividades, a apreciação das contas do presidente da República, o julgamento das contas dos administradores e dos demais responsáveis por bens e valores públicos, bem como a legalidade dos atos de admissão de pessoal, a qualquer título.