De acordo com o STJ e o STF diante da natureza híbrida do acordo de não persecução penal, aplica-se ao instituto o princípio da norma penal mais benéfica, de modo que é possível a sua celebração em casos de processos em andamento quando da entrada em vigor da Lei nº 13.964/2019, desde que existente confissão do réu até aquele momento e que o pedido tenha sido feito antes do trânsito em julgado da condenação.

Conforme o STJ, a ciência da recusa do Ministério Público em propor o acordo de não persecução penal deve se dar por meio de notificação extrajudicial ao investigado, que poderá requerer a remessa dos autos ao órgão de revisão ministerial, na forma do art. 28-A, § 14, do CPP.

Segundo o STJ, para a aferição da pena mínima em abstrato necessária à propositura do acordo de não persecução penal, aplica-se a teoria da pior das hipóteses, segundo a qual se deve levar em consideração as frações máximas das majorantes e as frações mínimas das causas de diminuição de pena.

Consoante o STJ, o acordo de não persecução penal é cabível em ações penais privadas, mesmo após o recebimento da queixa-crime, e o Ministério Público possui legitimidade supletiva para propô-lo quando houver inércia ou recusa infundada do querelante.

De acordo com o STJ e o STF, não é possível a aplicação do acordo de não persecução penal no âmbito da Justiça Militar, haja vista a ausência de disposição legal.