As principais atuações dos protozoários no tratamento de esgotos são: consumo de matéria orgânica, consumo de bactérias livres, participação na formação de flocos e desnitrificação.

As bactérias são o grupo de maior importância nesses sistemas, atuando na remoção da matéria orgânica, e em outros fenômenos como a conversão da amônia a nitrito, e na conversão de nitrito a nitrato.

A recirculação do lodo em sistemas formados por um reator biológico seguido de unidade de decantação é atrativa, pois quanto maior a concentração de biomassa, mais substrato é utilizado.

Sistemas de baixa carga são concebidos para fornecer uma quantidade mínima de alimento aos microrganismos, para incentivar a respiração endógena, o que propicia a digestão da massa celular no próprio reator.