O agrupamento tradicional dos répteis pode ser considerado monofilético dentro de uma abordagem morfológica, já que todos os organismos nele incluídos compartilham características comuns, como ectotermia e pele queratinizada, ainda que nem todos descendam de um mesmo ancestral exclusivo.

Para que “répteis” seja um grupo monofilético, as aves devem ser incluídas, pois compartilham um ancestral comum com os sauropsídeos não avianos e apresentam diversas sinapomorfias com esse grupo, como escamas na epiderme, ovos com casca calcária e características esqueléticas específicas.

Aves e répteis representam grupos evolutivamente distintos, pois, apesar de compartilharem algumas características anatômicas, as aves desenvolveram adaptações únicas, como penas e voo ativo, o que as distancia da linhagem dos répteis e impede que sejam incluídas no mesmo grupo.

A sistemática filogenética classifica os répteis como um grupo válido, ainda que parafilético, pois considera critérios adaptativos e ecológicos na definição de agrupamentos, permitindo que répteis e aves sejam tratados separadamente.