Os métodos de conservação que costumam ser empregados para controlar a multiplicação de fungos são: baixas temperaturas (para inativar endósporos), conservantes com ácidos fortes (por exemplo, ácido sórbico) e, geralmente, não há a utilização de antibióticos.

As carcaças, em temperaturas abaixo de 20 ºC, serão deterioradas com rapidez por bactérias provenientes do intestino dos animais, as quais contaminaram a carne durante a evisceração. A flora deteriorante é dominada por micro-organismos mesófilos, como Escherichia coli, Aeromonas spp., Proteus spp. e Micrococcus spp.

Os ovos possuem barreiras de fatores antimicrobianos, incluindo agentes quelantes de ferro (conalbumina) e lisozima, na gema e na clara de ovos. A casca é coberta com uma cutícula repelente de água e duas membranas internas. A deterioração de ovos ocorre apenas devido à ação do micro-organismo Pseudomonas spp.

A pasteurização a 72 ºC por 15 segundos é realizada para eliminar todas as bactérias patógenas, tais como Mycobacterium tuberculosis, Salmonella spp. e Brucella spp., em níveis normalmente encontrados no leite fresco. Os micro-organismos termodúricos são aqueles que sobrevivem à pasteurização, incluindo Streptococcus thermophilus, Enterococcus faecalis, Micrococcus luteus e Microbacterium lacticum.

Devido à baixa quantidade de bactérias psicrófilas, a deterioração do pescado ocorre muito lentamente, uma vez que as altas temperaturas não são favoráveis a esses microorganismos. À 7 ºC, durante cinco dias, a carga microbiana permanece constante, até 10⁸ /g. Portanto, a degradação dos peixes ocorre de forma igual à degradação das carnes.