As mudanças provocadas pelo El Niño afetam diretamente a atmosfera e a hidrosfera, mas apenas indiretamente influenciam a biosfera e não possuem relação com processos da litosfera, pois a rocha matriz permanece inalterada durante o fenômeno.

O El Niño altera a temperatura das águas oceânicas (hidrosfera), modificando a circulação atmosférica (atmosfera), promovendo secas e chuvas atípicas que afetam tanto a vegetação quanto a fauna (biosfera) e provocando erosão, deslizamentos e mudanças na morfologia do solo e do relevo (litosfera).

O aquecimento das águas do oceano (hidrosfera) intensifica a evaporação e modifica padrões de ventos (atmosfera), desencadeando alterações climáticas que impactam ecossistemas terrestres e marinhos (biosfera), porém não interfere na dinâmica dos solos ou das rochas (litosfera).

O fenômeno El Niño limita-se a alterar as condições climáticas globais (atmosfera), sem influenciar significativamente os demais componentes do quadro natural, pois não há intercâmbio de matéria entre a atmosfera e os outros sistemas naturais.