É um sistema com práticas arcaicas de trabalho e com interface complexa, fazendo com que os órgãos públicos escolham outros sistemas equivalentes, com maior acessibilidade e facilidade de operacionalização e, também, por ainda não estar alinhado ao Processo Eletrônico Nacional (PEN)

Uma das características do SEI está relacionada ao nível de acesso permitido à informação, dessa forma, a regra é a transparência, sendo o sigilo a exceção.

Para fins de proteção de dados, em regra, os processossempre receberão nível de acesso “Restrito”,sendo o “Público” a exceção.

Como um dos benefícios do SEI é possível citar o baixo valor monetário para investir na sua aquisição, bem como para ter direito a sua utilização. Mostrando-se, assim, uma ferramenta acessível para uso nos órgãos públicos.

O SEI atende, de forma exclusiva, usuários internos, não permitindo, por razões de segurança da informação, o acesso a usuários externos.