A Psicopedagogia Clínica concentra-se no atendimento individual ou em pequenos grupos em ambiente especializado, enquanto a Psicopedagogia Institucional volta-se ao trabalho com projetos, formação de equipes e análise de situações de aprendizagem em contextos coletivos, sustentadas por uma mesma base teórica sobre o aprender.

A Psicopedagogia Clínica apresenta caráter essencialmente terapêutico, e a Psicopedagogia Institucional assume papel administrativo voltado a organizar calendários escolares e regulamentos internos.

A Psicopedagogia Clínica dedica-se ao acompanhamento de alunos com alto rendimento, e a Psicopedagogia Institucional atende preferencialmente casos de reprovação em série.

A Psicopedagogia Clínica apoia-se em observações informais realizadas no cotidiano, e a Psicopedagogia Institucional concentra-se em uso de testes padronizados de inteligência aplicados em massa.

A Psicopedagogia Clínica enfoca sobretudo alterações orgânicas, e a Psicopedagogia Institucional focaliza temas da vida emocional, afastando a análise sistemática da dinâmica de sala de aula.