O município está localizado em região de planície litorânea e sua economia se baseia majoritariamente no setor industrial.

Alfredo Wagner integra a bacia hidrográfica do rio Itajaí, sendo seu território o local de encontro final entre os rios Itajaí- Açu e Itajaí-Mirim.

A maior parte da população de Alfredo Wagner encontra-se em áreas urbanas e dedica-se à atividade turística na região da Serra Geral.

As nascentes do rio Itajaí estão localizadas na microbacia do rio Caeté, que se situa no território de Alfredo Wagner.