No método indireto, um anticorpo primário específico ao antígeno é ligado a um composto fluorescente.

Com a biópsia, inicia-se a autólise irreversível, que só cessará no momento em que o espécime é colocado no fixador.

No método direto, na primeira etapa, o anticorpo primário se liga ao antígeno e o secundário se liga à porção Fc do anticorpo primário.

O método imuno-histoquímico possibilita a detecção de um antígeno e a correlação entre os agentes infecciosos.

Para a visualização, há necessidade de microscópio de fluorescência com luz polarizada.