Antibióticos de amplo espectro, como amoxicilina, para erradicar a infecção.

Antifúngicos, como fluconazol, devido à possibilidade de infecção fúngica associada.

Antiprotozoários, como metronidazol, para o tratamento da giardíase.

Anti-helmínticos como albendazol, devido à possibilidade de infecção por vermes intestinais.

Imunossupressores, como prednisona, para reduzir a inflamação intestinal.