Organismos bentônicos, como moluscos e crustáceos, são amplamente utilizados como indicadores biológicos no tratamento de esgoto devido à sua alta tolerância a condições de esgoto bruto.

O uso de coliformes termotolerantes (ou fecais) como indicadores biológicos no tratamento de esgotos é uma prática padrão para avaliar a presença de patógenos e a eficiência da desinfecção.

Os bioindicadores, como as larvas de insetos aquáticos, são mais eficientes que as análises químicas para a identificação da presença de metais pesados no efluente tratado.

Cianobactérias são utilizadas como indicadores biológicos em estações de tratamento de esgoto devido à sua capacidade de refletir alterações na composição de matéria orgânica.

Os organismos que reagem ao estresse pela acumulação de substâncias nos tecidos, os quais são reconhecidos como organismos resistentes, são denominados bioindicadores de reação.